Die Geschichte des FC Mobulu führt zurück in den Frühsommer des Jahres 2001, als sich einige Fussballbegeisterte, miteinander befreundete Studenten der Universität Bern, entschlossen, unter dem Namen „FC Mobulu M'Futi Sports“ an den alljährlichen Universitätsmeisterschaften teilzunehmen. Ein weiteres Event war die ebenfalls jedes Jahr stattfindende Hallenfussballnacht der Uni Bern. Der anfangs eher kleine Kreis der Spieler erweiterte sich kontinuierlich und die fussballerische Qualität wurde immer besser, ohne dass dabei die Kameradschaft auf der Strecke blieb. Der „FC Mobulu“ wurde – insbesondere für die Lizenzspieler – zu einer Oase der Freundschaft und Spielkultur. Da die meisten „Mobulus“ in einem Fussballverein aktiv sind, beschränkte sich das gemeinsame Spielen auf die Universitätsturniere und das eine oder andere „Grümpelturnier“. Im Sommer 2005 wurde Mobulu von der Unisportleitung angefragt, unter dem offiziellen Namen „Mobulu Futsal Uni Bern“ an der Schweizerischen Futsal-Meisterschaft teilzunehmen. Endlich bestand die Chance, gemeinsam an einem organisierten Spielbetrieb teilzunehmen, der sich termintechnisch kaum bis gar nicht mit demjenigen des Grossfeldfussballs überschneidet. Die Zusage folgte umgehend. Mobulu realisierte in seiner ersten Futsal-Saison den B-Vizemeistertitel und den damit verbundenen Aufstieg in die höchste Spielklasse. Zudem konnte das Erreichen des Schweizer Cupfinals gefeiert werden. Auf dem Weg dorthin wurden zwei renomierte NLA-Teams ausgeschaltet, bevor Mobulu im Endspiel am Titelverteidiger NK Dinamo Möhlin knapp scheiterte. Im Sommer 2006 wurde der SFV-Verein „Mobulu Futsal UNI Bern“ gegründet.

In der Saison 2006/2007 konnte die Entwicklung weiter vorangetrieben werden und diese Spielzeit darf sicherlich als Erfolgreichste bezeichnet werden. Die Vereinsstrukturen konnten weiter ausgebaut werden, der Verein wuchs auf 20 Mitglieder an, Supporter und Sponsoren konnten gefunden werden - und vor allem konnte man beachtlichen sportlichen Erfolg erzielen. Die Qualifikation wurde überraschend auf dem 1. Rang beendet und auf dem Weg zum Westgruppensieg der NLA konnte Mobulu auch den Schweizermeister Uni Bulle hinter sich lassen. Nach den Playoffs landete Mobulu auf dem undankbaren 4. Rang und durfte die fairplay-Auszeichnung entgegennehmen.